Po pierwsze - jeszcze jedna rzecz dość ważna mi się rzuciła w oczy. Masz zamiar zasilać robota z Li-Pola 2S, co da napięcie w granicach 6-7.5V (nie pamiętam dokładnie jak to z Li-Polmi było, ale chyba coś takiego). To oznacza, że nie możesz użyć najzwyklejszego 7805 do stabilizowania napięcia, popatrz za czymś LDO, albo impulsowym.
Po drugie - jakie napięcie według Ciebie będzie na diodzie Zenera 6V2 po podłączeniu przez rezystor do 5V? No, raczej nie nominalne.
Zamiast bawić się zenerką możesz skorzystać z napięcia +5V - masz je już w układzie i znasz jego wartość - dzielnikiem bez problemu sobie dostosujesz, np. zakładamy, że komparator ma wskazywać spadek napięcie akumulatora poniżej 6V, aktualny Twój dzielnik da w takim wypadku ~3,25V. Dla drugiego wejścia potrzebujesz z 5V uzyskać coś podobnego, to np... 1k2 i 620R - powinno działać.
Po trzecie - po co Ci masa analogowa skoro z niej nie korzystasz? No i mimo wszystko, wypadałoby połączyć ją z masą cyfrową - jeśli to ma działać.